O processo de transplante é semelhante ao utilizado com doador de medula óssea, ou seja, após um regime de preparação com quimioterapia e/ou radioterapia, o paciente recebe as células-tronco em um procedimento semelhante a uma transfusão.
Os pacientes com indicações para transplante não aparentado deverão ser cadastrados pelo Registro Nacional de Receptores de Medula Óssea (REREME). O médico insere no sistema características da doença, dados cadastrais do paciente e o resultado do teste de HLA, um teste genético. Depois, é feito um cruzamento de informações entre o REREME e o Registro de Doadores de Medula Óssea (REDOME), que inclui os dados das unidades armazenadas em bancos da Rede BrasilCord e dos doadores voluntários, a fim de identificar um doador ou unidade de cordão compatível.