A principal vantagem é que as células do cordão estão imediatamente disponíveis. Não há necessidade de localizar o doador e submetê-lo à retirada da medula óssea. Além disso, não é necessária a compatibilidade total entre o sangue do cordão e o paciente. Com o uso do cordão umbilical é permitido algum nível de não compatibilidade, ao contrário do transplante com doador de medula óssea, que exige compatibilidade total.
A maior desvantagem é a dose de utilização, uma vez que a doação ocorre em uma única coleta (sem possibilidade de nova coleta) e o volume é restrito. Por isso, o número de células-tronco pode ser limitado. Assim, existe um limite de peso para o paciente, em função da quantidade de células-tronco retiradas do sangue do cordão. Os pacientes precisam ter entre 50kg e 60kg. No entanto, hoje se utiliza uma técnica de adicionar dois cordões para um mesmo paciente, o que proporciona o uso em adultos com maior peso.
